Plant Transcript Assembly Report for TA30092_4513

Plant Transcript Assemblies represent a non-redundant set of transcripts through clustering and assembly of full-length and partial cDNAs, Expressed Sequence Tags (ESTs) and known mRNAs excluding the predicted CDS sequences derived from genome sequencing projects.

Quick Links:

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Plant Transcript TA30092_4513 Summary
Plant TA Accession TA30092_4513
Length 1188
Orientation +
Num. of Components 86
Taxon ID 4513
Scientific Name Hordeum vulgare
Common Name Barley
Release Version 2
Most Current Build? Yes
Plant Transcript TA30092_4513 Annotation
Plant TA Annotation% Identity% Coverage
Protein H2A [Triticum aestivum (Wheat)]96.0425.77
Plant Transcript TA30092_4513 Assembly Diagram
Plant Transcript Assembly TA30092_4513 Assembly Components
GenBank
Accession		 Type Left
Coord		 Right
Coord		 Orient Current TA
AJ463862 EST 47 230 + TA30092_4513
BY849802 EST 2 384 + TA30092_4513
BY849800 EST 1 425 + TA30092_4513
BY849803 EST 2 439 + TA30092_4513
BY851316 EST 3 439 + TA30092_4513
BY852573 EST 2 441 + TA30092_4513
BM444517 EST 94 451 + TA30092_4513
CA022169 EST 16 448 + TA30092_4513
AJ463860 EST 29 514 + TA30092_4513
AJ463861 EST 57 481 + TA30092_4513
BU996878 EST 49 514 + TA30092_4513
AV912810 EST 27 520 + TA30092_4513
BU979100 EST 22 507 + TA30092_4513
AL511432 EST 260 649 - TA30092_4513
BU977748 EST 129 649 - TA30092_4513
BM374334 EST 50 643 + TA30092_4513
BM377212 EST 45 643 + TA30092_4513
AV917548 EST 45 660 - TA30092_4513
AV921727 EST 132 614 - TA30092_4513
BU977747 EST 44 649 + TA30092_4513
CA031057 EST 45 645 + TA30092_4513
CA032162 EST 13 649 + TA30092_4513
BQ459703 EST 13 641 + TA30092_4513
BU976580 EST 16 610 + TA30092_4513
BU982251 EST 77 609 + TA30092_4513
BQ470597 EST 53 608 + TA30092_4513
CA030757 EST 13 670 + TA30092_4513
CB860541 EST 14 707 + TA30092_4513
BY870662 EST 395 695 - TA30092_4513
BY870664 EST 341 693 - TA30092_4513
BY870665 EST 338 692 - TA30092_4513
BQ458616 EST 51 696 + TA30092_4513
AV916299 EST 133 689 + TA30092_4513
CB861430 EST 17 707 + TA30092_4513
CB875353 EST 114 717 - TA30092_4513
CB858197 EST 143 717 - TA30092_4513
BQ656373 EST 148 713 - TA30092_4513
BU976581 EST 151 713 - TA30092_4513
BQ665404 EST 217 673 - TA30092_4513
CB875631 EST 144 717 - TA30092_4513
CB862009 EST 153 741 - TA30092_4513
CB862921 EST 453 738 - TA30092_4513
BU974216 EST 484 760 + TA30092_4513
BQ657442 EST 463 741 - TA30092_4513
BY856053 EST 768 924 + TA30092_4513
BQ468062 EST 401 964 + TA30092_4513
AJ465180 EST 783 967 + TA30092_4513
AJ461506 EST 783 1027 + TA30092_4513
AJ465179 EST 783 1027 + TA30092_4513
AJ461505 EST 778 1022 + TA30092_4513
CB863444 EST 766 1132 + TA30092_4513
HVU250663 mRNA 773 1083 + TA30092_4513
CB863710 EST 773 1132 - TA30092_4513
BQ662161 EST 713 1184 - TA30092_4513
BQ658702 EST 765 1144 - TA30092_4513
CA030746 EST 765 1184 + TA30092_4513
CB864345 EST 765 1144 - TA30092_4513
CB875341 EST 766 1184 - TA30092_4513
BY844489 EST 768 1185 + TA30092_4513
CB860209 EST 817 1144 + TA30092_4513
AV932732 EST 850 1184 + TA30092_4513
BJ474219 EST 787 1152 - TA30092_4513
BJ474749 EST 787 1172 - TA30092_4513
BJ477128 EST 787 1172 - TA30092_4513
AV932366 EST 806 1184 + TA30092_4513
BJ472967 EST 789 1184 + TA30092_4513
AJ434165 EST 808 1178 + TA30092_4513
CB868093 EST 781 1169 + TA30092_4513
BQ659646 EST 808 1184 - TA30092_4513
CB865562 EST 795 1184 - TA30092_4513
CB871357 EST 781 1184 - TA30092_4513
CB863554 EST 785 1184 - TA30092_4513
CA030460 EST 783 1184 + TA30092_4513
BU985377 EST 781 1182 + TA30092_4513
CB870614 EST 783 1144 + TA30092_4513
BU991055 EST 782 1144 + TA30092_4513
CB868202 EST 773 1181 + TA30092_4513
CB868479 EST 773 1184 + TA30092_4513
CB872537 EST 781 1184 - TA30092_4513
BY865745 EST 768 1184 - TA30092_4513
BQ756972 EST 773 1172 + TA30092_4513
BQ464042 EST 784 1178 + TA30092_4513
BQ662132 EST 807 1165 - TA30092_4513
BQ468022 EST 802 1165 + TA30092_4513
CB863226 EST 777 1185 + TA30092_4513
CB865761 EST 787 1188 - TA30092_4513
Click to show/hide SSR data.

Plant Transcript TA30092_4513 Putative SSRs
SSR IDSSR MotifNum RepeatsSSR StartSSR End
478589 CCG 5 438 452
Primers for TA30092_4513 SSRs.
   
SSR IDL/RPrimerPrimer startPrimer LengthTM (°C)GC (%)Product Size
478589 Left CGTGATCCCCAACATCAACT 397 20 60.8 50 113
Right TCTTCTTGGGGGACTTGGTA 509 20 59.5 50
478589 Left AACATCAACTCCGTGCTGCT 407 20 60.9 50 103
Right TCTTCTTGGGGGACTTGGTA 509 20 59.5 50
478589 Left CGTGATCCCCAACATCAACT 397 20 60.8 50 114
Right TTCTTCTTGGGGGACTTGGT 510 20 60.9 50

Plant Transcript Assembly TA30092_4513 Sequence

>TA30092_4513
ACAAACTCAGAGCATTCCGATCCAGCACCACCGCCGCCAACACCACACCTTGAAGGACCT
CGTCGCCGGAGCAGCAGCAAGCAAGATGGCCGGAAGGAAGGGCGGCGACAGGAAGAAGGC
GGTGACCCGGTCCGTTAAGGCCGGGCTCCAGTTCCCCGTCGGCCGCATCGGGCGCTACCT
CAAGAAGGGCCGCTACGCCCAGCGCGTCGGCTCCGGCGCCCCCGTCTACCTCGCCGCCGT
CCTCGAGTACCTCGCCGCAGAGGTGCTTGAGCTCGCCGGCAACGCGGCCAAGGACAACAA
GAAGTCCCGCATCATCCCGCGCCACCTGCTTCTCGCCGTCCGCAACGACCAGGAGCTCGG
CAGGCTGCTCGCCGGCGTCACCATCGCCCACGGCGGCGTGATCCCCAACATCAACTCCGT
GCTGCTCCCCAAGAAGTCCGCCGCCGCCGCCGAGAAGGAGGCCACCAAGTCGCCCAAGAA
GAAGACCGCTACCAAGTCCCCCAAGAAGAAGGCCGCCGCCAAGGAGTAGCCTAGCTGACA
CTTAGTTCGGTATCAGGGAGAAGATGAGCAGACTTTTGGTTTATTGGATCATGTATGTAA
ATGCCAGTCTGTATTGGCTCTTTCATTTGTTCGATGAACAGGCCAGTCAGGACTTCATTT
TACCTGTGATTTAGTATTTGATCAATGACTGAAGATGCCACACTTTCAATCATGTTCACT
TGTTTACCCGTGATCAATCGTGTGATTGTTCGTTACCTGCATGAGGGTCAAGTTCACGCC
TGCCGAATCGAGGATGAGCTGCGCCGCCCCAAAAGCCCCCGCCGGAGAGGAGAAGAAGAC
GTCATGGCCGGAGGTAGTGGGAAAGTCCATCGAGGAGGCCAAGGAGATCATCCTTAAGGA
CATGCCTGAAGCGGACATCGTCGTCCTCCCAGCCGGCTCGCCGGTGACCCTCGACTTCAG
GACCAACCGTGTCCGCATCTTCGTCGACACTGTCGCGTCCACTCCCCACATTGGCTAGCT
AGCTTTGCAAGCAAAGGCAACATGGATGCATTGTGGATGCTGATGAATAAGTACTTCCAA
TAAGCATGGATCAATAAATAGATGCTGACCACCAGCATGCTACCTGTGGATCAATGTACT
TGACCAGTTATTTATAATTTGTGCTTCATATTATCC